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食用菌是生态农业的一个重要“链节”。利用各种工农业下脚料、野草和各种动物粪便来栽培食用菌，不仅可以化害为利，变废为宝，还可以建立一个多层次的生态农业系统。纤维素、半纤维素、木质素是植物的主要成分，它们最难降解，而食用菌的菌丝至少有3种纤维素酶，可顺利地把纤维素分解为葡萄糖，并将氮源迅速转化为蛋白质，碳源转化为碳水化合物，使有机废物进入食物链，加入生物循环系统。由此可见，发展食用菌是非常有必要的。
食用菌的培养料还可以多次循环利用。栽培过食用菌的培养料，其中养分得到了提高，被誉为“超级堆肥”。栽培过食用菌的培养料可作为饲料，因经过复合酶的分解，其纤维素降解50%左右，木质素降解30%左右，质地疏松，色、香、味俱全，营养价值相当于同量玉米，是禽、畜、鱼的优良饲料。
栽培过凤尾菇的稻草，易为沼气发酵微生物所利用，产气早，速度快。再用沼气渣种蘑菇，产量提高1/3。利用20%发酵渣，加80%棉籽壳种平菇，单产比纯棉籽壳高26%，互为有利。沼气肥水放入鱼塘养鱼，沼气渣养蚯蚓，蚯蚓喂鸡，鸡粪喂猪，猪粪再种菇，蚯蚓粪下地……这些过程，都提高了资源的利用率。
栽培食用菌的培养料还可种其它食用菌。经过菌类的降解，培养料的可溶性养分增加了，尤其是三羧循环中的有机酸，可以成为一种很好的碳源。菌类代谢产物中可能还存在着某些具有生理活性的物质，可刺激另一种菌类生长。如种过草菇的棉籽壳可种平菇，生物效率50%。种过平菇的棉籽壳也可种草菇，生物效率26%~27%。
有些食用菌的培养料还可以进行二次栽培。比如用棉籽壳栽培平菇，在采完最后一潮，如果未感染病虫害，可将料面清理干净，剔松表层，补足水分，每平方米再加调好水分的湿棉籽壳5公斤，摊平压实，照常管理，经20天就可出菇，产量同前。再比如瓶栽的平菇采收1~2次后，可压块栽培，再采收1~2次，可埋入土中园栽。也可将压块栽培的采收2~3次后再园栽，或袋栽后园栽，或袋栽后块栽、块栽后园栽。
各种工农业下脚料及野草作为燃料一次利用，只能利用其能量的10%，还污染环境，作为肥料（秸秆还田），也是一次利用，只利用其中的有机质和矿物质，其产值为最佳循环利用的1/（39~75）。用来作为饲料“过腹还田”，为两次利用，只利用了有机质、营养物质和矿物质一部分，其产值为最佳循环利用的1/（31~68）。用作动物饲料，把动物粪便入沼气池，沼气渣水用作肥料还田，为三次利用，又可利用其能量的60%，其产值为最佳循环利用的1/（11~22）。最佳循环利用是在三次利用基础上，将沼气渣种菇，沼气水养鱼，食用菌废培养料养蚯蚓，蚯蚓用作禽畜鱼饲料，蚯蚓粪还田，使每一链节都无废物。由此可见，发展食用菌在生态农业中的作用是非常吸引人的。
